Tübingen/Antwerpen/Nijmegen/Brussel, 20 oktober 2003 - - Binnen het departement Natuurkunde van de Universiteit Antwerpen (UA) wordt onder andere computationeel onderzoek verricht naar de eigenschappen van materialen. Via zogenaamde ab initio elektronische structuurberekeningen, tracht men de structurele en elektronische eigenschappen van deze materialen te verklaren, uitgaande van de bouwstenen van de materie door enkel gebruik te maken van de fundamentele wetten van de fysica. Deze berekeningen zijn zeer tijds- en geheugenintensief en verlopen bij voorkeur parallel op een cluster. De Linux-cluster die hiervoor kortgeleden werd geïnstalleerd is geleverd door ttec Computers.
Aan het departement Natuurkunde van de UA leidt Dr. Dirk Lamoen een onderzoeksteam van acht personen dat computationeel onderzoek verricht op materialen, onder andere op nanostructuren zoals koolstof nanobuisjes en fullerenen. Hoewel het hier fundamenteel onderzoek betreft, lopen er toch verschillende projecten in samenwerking met industriële partners. Vroeger gebeurden de berekeningen op één-processor workstations. Voor zeer tijds- (en geheugen-)intensieve berekeningen werd er beroep gedaan op zogenaamde supercomputers.
PC clusters zijn een goedkoop alternatief voor deze grote supercomputers. Om de voordelen ervan te realiseren is het nodig om het rekenwerk te verdelen over de verschillende nodes. Dat kan ofwel door het simultaan laten lopen van bestaande sequentiële programma's (met bijvoorbeeld OpenPBS) maar ook door met gebruik van parallelle algoritmen de nodes samen aan één probleem te laten
werken (bijvoorbeeld met OpenMP of MPI).
ttec Computers installeerde een transtec 18-node Linuxcluster - gebaseerd op nodes met dual-Xeon processoren, 2 GB RAM, 80 GB disk - voor de parallelle berekeningen. De connectie tussen de nodes is een gigabit-verbinding, aangesloten op een HP Procurve 24 ports switch. De master node is een transtec 2600 SCSI-systeem.
Lamoen: "Wij hebben de keuze voor ttec gemaakt omdat zij een totaalpakket van hardware, software en service aanboden tegen een gunstige prijs. Erg belangrijk binnen onze afweging is de ondersteuning die de leverancier kan bieden.
Deze ondersteuning wordt geregeld door de clusterspecialisten van het Competence Center in Tübingen. Zij hebben altijd toegang tot onze systemen. Voor oplevering configureren en testen zij onze systemen. Die worden daarna opgestuurd en in Antwerpen geïnstalleerd. Ik hoef weinig uitleg te geven; ttec/transtec begrijpt volledig wat onze behoeften en mogelijkheden zijn."
De onderzoeksgroep startte in januari 2003 met een cluster van 8 nodes; ondertussen is die uitgebreid tot 18 nodes en zal in de toekomst, volgens Dr. Lamoen, nog verder worden uitgebreid.
"Wij hebben bewust voor Linux gekozen", stelt hij, "en ook daarvan is de kennis bij de Linux clusterengineers van ttec gedegen. Met de gekozen oplossing zijn we zeer tevreden. Programma's worden nu op de 'master node' gestart en verdeeld over verschillende nodes. Ruwweg kun je stellen dat een berekening binnen de cluster op 4 nodes nu ook vier maal sneller is dan dezelfde berekening op één PC."
Voor meer informatie: www.ttec.nl / www.ttec.be